Rafael Vegas nació en Caracas el 4 de diciembre de 1908.

Sus padres: Dr. Luis Vegas Sanabria, médico, y Doña María Sánchez Navarro de Vegas. Sus hermanos: Luisa Amalia Vegas de Vegas, Martín Vegas, María Teresa Vegas de Rolando, Sofía Vegas de Kerdel, Luis Felipe Vegas y Armando Vegas. Era él, el menor.

Cursó el Primer Grado de Primaria en la Escuela del Carmen de las señoritas María y Lucrecia Ugueto, y el resto de la Primaria en la Escuela Anexa a la Normal de Hombres. La Educación Secundaria la cursó en el Liceo Caracas, a excepción de un año que hizo en el Colegio de los Padres Salesianos.

Cursaba en la Universidad Central de Venezuela el 4° Año de Medicina cuando ocurrieron los sucesos estudiantiles del año 1928, en que participó resueltamente. Estuvo en el primer grupo de presos del Castillo Libertador, en Puerto Cabello. Luego tomó parte en el intento de asalto al Cuartel San Carlos, después de lo cual logró salir de Venezuela, y se fue a París a reanudar los estudios de Medicina.

Al año siguiente regresó a Venezuela en la Expedición del Falke, que desembarcó en Cumaná el 11 de agosto de 1929.

Después del desastre de Cumaná estuvo huyendo por el Oriente de Venezuela, hasta fines de octubre de 1930 cuando logra pasar a Trinidad. Pero al poner pie en tierra fue hecho preso por las autoridades inglesas de la isla, encarcelado con presos de alta peligrosidad, y se le siguió juicio. Cuando quedó en libertad, se vio obligado a quedarse varios meses en Trinidad, a donde fue a cuidarlo su madre, porque él se encontraba muy mal de salud. En la primavera de 1931 vuelve a París en donde permanece hasta el término de sus estudios de Medicina.

De 1934 a 1936 se especializó en Psiquiatría en España al lado del Profesor Dr. Emilio Mira y López, desempeñando el cargo de Médico Interno en la Clínica Psiquiátrica Municipal de Urgencia de Barcelona y en el Hospital Psiquiátrico de Mujeres de San Baudillo de Llobregat.

Salió de España en plena Guerra Civil y volvió a París a preparar su Tesis Doctoral “Contríbution a L’étude de L’hygiene au Vénézuéla” que presentó el 9 de noviembre de 1937. El título de Doctor de la Universidad de París le fue conferido el 23 de noviembre de 1937.

Embarca el 27 de noviembre para su retorno definitivo a Venezuela adonde llega en diciembre de 1937 acompañado de su esposa Simone Falligan. Ya en Caracas, se incorpora a las reuniones preparatorias del Primer Congreso Venezolano del Niño, el cual se celebró del 1° al 6 de febrero de 1938. Junto con los doctores Germán Vegas, Pastor Oropeza, Carlos Mendoza, Angel R. Bustillos y Alirio Arreaza A., forma parte de la Comisión encargada de redactar el Proyecto de Código de Menores, que fue aprobado por el Congreso y refrendado el 17 de julio de 1938 como el primer Código de Menores de la República.

En abril de 1938 es nombrado Director de la Casa de Observación para Menores dependiente de la Junta de Beneficencia del Distrito Federal, y propone un Plan de Asistencia Social para Niños Abandonados, Delincuentes y Anormales para ser realizado en el Distrito Federal.

En febrero de 1939 se decreta la Reorganización del Consejo Venezolano del Niño y acepta ser su primer Secretario General. Entre otras realizaciones, funda y dirige el Instituto de Pre-Orientación de Menores creado el 16 de diciembre de 1939.

En 1940 colabora con su hermana Luisa Amalia de Vegas en la creación de la primera Escuela de Servicio Social, dependiente del Ministerio de Sanidad y Asistencia Social, y dicta en ella la cátedra de Psicología, por varios años. En 1947 participa en la Reorganización de los Estudios de Servicio Social como dependientes de la rama de la Educación Especial del Ministerio de Educación. Además, formó parte del cuerpo de redactores de la revista Servicio Social, y en los años 1941 a 1943 colaboró en importantes secciones.

El 5 de mayo de 1943 es nombrado Ministro de Educación, cargo que desempeñaba el 18 de octubre de 1945 cuando fue derrocado el Presidente General Isaías Medina Angarita. Toma la decisión de alejarse de toda actividad oficial, revalida ante la Universidad Central de Venezuela su título de Doctor en Medicina en enero de 1946, y comienza el ejercicio privado en Psiquiatría Infantil.

En 1947 entra a trabajar en el Colegio Santa María, de quien es fundadora y directora Doña Lola de Fuenmayor Rivera, y organiza el Gabinete PsicoPedagógico de dicho Instituto.

En los años 1947 y 1948 colabora en la Revista de Pedagogía Aula Nuestra con artículos y notas bibliográficas. Director de Aula Nuestra era el Profesor J.F. Reyes Baena.

En septiembre de 1948 funda el Sanatorio Altamira Institución Psiquiátrica para Damas.

El 25 de julio de 1950 funda el Colegio Santiago de León de Caracas, uno de sus más caros sueños desde que estudiaba 2°-3° Año en el Liceo Caracas, que vio casi realizado a su regreso a Venezuela en 1938, y que intentó infructuosamente llevar a la práctica en los años siguientes.

En 1953, severos quebrantos de salud lo obligan a abandonar su Consultorio Psiquiátrico.

En noviembre de 1953 vuelve como alumno a la Universidad Central de Venezuela al anunciarse la apertura de la Escuela de Educación adscrita a la Facultad de Humanidades.

En 1957 es nombrado Profesor de la Facultad de Humanidades y Educación, cargo al que renuncia el 28 de febrero de 1958 “por la incorrecta manera como habían sido tratados algunos Profesores con la autorización y casi aplausos de algunas Autoridades Universitarias”.

En 1964, con el cierre del Sanatorio Altamira, termina su actividad médica profesional.

El 25 de julio de 1970 transforma el Colegio Santiago de León de Caracas en la Fundación Santiago de León de Caracas exenta por consiguiente de cualquier finalidad de lucro.

De su matrimonio tuvo dos hijas: María Corina Vegas de Paterson y Helena Sofía Vegas de Carrera.